Красноярский клуб основан в 1980 г. под названием «Медик» как студенческая команда Государственного медицинского института. С 1991 по 1994 гг. выступал под названием «Виктория».
Сезон 1993 – 1994 гг. — чемпион России среди команд Первой лиги. Впервые в истории женского баскетбола в Красноярске получила право выступать в Высшей лиге национального Чемпионата России.
С 1994 г. — новое название «Шелен».
С 1997 г. входит в Суперлигу женских команд. 
В августе 2008 года клуб сменил название на «Красноярочка».

Летом 2012 года меняет своё название на нынешнее, а на пост главного тренера пришла Ольга Шунейкина. Также руководством клуба в состав команды были возвращены воспитанницы красноярского баскетбола – Марина Момот, Надежда Майорова, Евгения Шаповалова. После сложной первой половины чемпионата красноярки нашли свой игровой ритм и с января по май 2013 года потерпели только 1 поражение в 18 играх. На стадии плей-офф ЖК «Енисей» уверенно переиграла своих соперниц в четвертьфинале, полуфинале и финале и с первой попытки завоевала золотые медали российской Суперлиги.